日本是世界上拥有最先进、最多的质子和重离子治疗专用设施的国家之一。1984 年日本政府发起《攻癌十年总体规划》，作为规划的重要组成部分，1993年NIRS在千叶县建造了重离子医用加速器，1994年起开始重离子（碳离子）放疗临床试验。
以下主要盘点日本的质子重离子医疗机构情况，以及最受众人关注的治疗费用情况。日本共有13个治疗中心，其中重离子和质子都可以治疗的1个，只能重离子治疗的3个，只能质子治疗的9个。
兵库县立粒子线治疗中心
独立行政法人放射线医学综合研究所、重离子医科学中心
国立大学法人群马大学医学部附属医院、重离子医学中心
九州国际重离子癌症治疗中心
独立行政法人国立癌症中心东医院
国立大学法人筑波大学附属医院、质子线医学利用研究中心
脑神经疾患研究所附属南北癌症质子治疗中心
北海道大学医院质子治疗中心
相泽医院质子治疗中心（Ai-PROTON)
静冈县立静冈癌症中心
名古屋质子治疗中心
福井县立医院、质子癌症治疗中心
一般财团法人Medipolis医学研究财团Mediapolis癌症质子治疗研究中心
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